Il mezzogiorno a Sepang è caratterizzato da un clima stabile e un cielo velato. La pioggia è stata protagonista sabato e venerdì, ma domenica il meteo è migliore, almeno per la prova della classe "leggera". Nel warm up il più veloce è stato Bagnaia, davanti a Idham Pawi (Honda Team Asia). Nelle prove della mattina i corridori sono scesi in pista con gomme da bagnato; la pista, dopo una notte di precipitazioni, presentava ancora ampie zone umide e l’asfalto si è asciugato completamente per il via della gara.

La prima fila della griglia di partenza è composta dall'autore della pole, Darryn Binder, con Jorge Navarro (Estrella Galicia 0,0) al secondo posto, e a chiudere il pilota piemontese, portacolori Aspar Mahindra. Da segnalare la prima gara di Ayumu Sazaki, vincitore della Red Bull Rookies Cup 2016 e, con il team Gresini, in sostituzione dell’infortunato Enea Bastianini. Il riminese è secondo in classifica generale, ma la defezione malese non gli costerà il recupero di Navarro, tra le vittime delle molte cadute che da subito hanno caratterizzeranno la prova. Belle qualifiche per Lorenzo Dalla Porta: il giovane pilota dello Sky Team VR46 apre la seconda fila, mentre i suoi compagni di box Nicolò Bulega e Andrea Migno sono più arretrati; la loro prova sarà segnata dagli incidenti, e solo il toscano arriverà alla fine, classificandosi sedicesimo.

Si spegne il semaforo, e Binder parte bene seguito da Gabriel Rodrigo e da Bagnaia, mentre cadono alla curva 2 Juanfran Guevara (RBA Racing), Sasaki e Migno, poi successivamente Bulega, Aron Canet (Estrella Galicia 0,0), Jorge Martin (Pull&Bear Aspar), Philipp Öettl (Schedl GP) e Tarsuki Sukuki (CIP-Unicum). Infine Adam Norrodin (Drive M7) cade alla curva sette. I ritiri saranno il tema costante della gara.